アルゴル太陽系第二惑星モタビアは、かつては砂漠ばかりの不毛な星であった。
しかし、マザーブレインと呼ばれる巨大コンピューターの管理によって、
現在では緑豊かな惑星に変貌を遂げている。
マザーブレインはモタビアの気象や食糧生産について緻密に管理、統制し、
人々は物質的に何不自由なく暮らしていた。
ところが、数年前に起こった原因不明の事故で、
食糧生産を行っていたバイオシステムが暴走し、悪性生物(バイオモンスター)を発生させてしまった。
農作物が食い荒らされたり、人間が襲われるなどの被害が多発するが、
根本的な解決策が見つからないまま、いたずらに時は流れていく。
バイオシステムの事故の原因は何か、どうすればバイオモンスターを根絶することができるのか……
長年の平和に慣れ、戦うすべを忘れた人々は、絶望にうちひしがれるばかりだった。
時は、AW1283年。
モタビア州政府のエージェント・ユーシスは、このごろ毎晩のように悪夢にうなされていた。
一人の少女が、悪魔のように禍々しい怪物と戦う夢だ。
この夢は、1000年も前にアルゴル太陽系を救ったという、あの伝説の少女と関係があるのだろうか?
そんな思いを振り払い、ユーシスは今日もモタビアの総督府へ向かう。
そこで彼は、モタビアの未来を左右するような特命を受ける。
閉鎖されたバイオシステムへ向かい、あの事故の原因を探れというのだ……。
このミッションが、やがてモタビアの、アルゴル太陽系の運命を揺るがす旅になることを、
彼はまだ知らなかった……。
1人の少女がアルゴル太陽系の平和を取り戻すために戦ってから1000年後。
彼女の物語を、多くの人はすでに忘れつつあった……。
アルゴル太陽系第二惑星・モタビア。
かつては一面の砂漠だったこの惑星も、
巨大コンピュータ・マザーブレインの統制によって
緑豊かな大地へと変貌を遂げていいた。
ところが、ここ数年、モタビアには異変が起こっていた。
今まで見たことのないバイオモンスターが大発生し、
人々を襲い、農作物を食い荒らすようになったのだ。
モタビアの首都・パセオで、州政府所属のエージェントとして働くユーシスは、
毎晩謎の夢に悩まされていた。
巨大な魔物と戦い傷つく、長い髪の少女の夢だ。
その日の朝も、ユーシスは言いようのない悲しみとともに夢から醒めた。
だが、いつまでも夢にとらわれているわけにはいかない。
州政府の総督から、ユーシスへ緊急の呼び出しがあったからだ。
窓を開け、朝の冷たい空気を吸い込み、彼はセントラルタワーへと向かった……。
アリサ......アルゴル太陽系の平和を取り戻すために戦った勇気ある少女。
この「ファンタシースターII」は、
彼女の活躍がすでに伝説となった1000年後の物語である。
アルゴル太陽系第二惑星モタビア星は、
かつて砂漠ばかりの荒れはてた惑星であった。
しかし、いつのころからか、
マザーブレインと呼ばれる巨大コンピューターがもたらされ、
今では緑豊かな惑星へと変貌を遂げていた。
マザーブレインが気象や食料生産を緻密に管理しているため、
人々は、物質的に何ひとつ不自由のない生活を送ることができた。
そんな平和な暮らしは、これからも永遠に約束されているかのように思えた......。
ところが、数年前から異常なできごとが起こり始めた。
今までに見た事も無いようなバイオモンスター（悪性生物）が大発生し、
人々を襲い、農作物を食い荒らし始めたのである。
なぜバイオモンスターが発生したのか、
またどうすれば取り押さえる事が出来るのか........
戦いを忘れ、平和に慣れきった人々は驚き、
絶望にうちひしがれるだけで、なすすべを持たなかった。
だが、そんな中にもごく僅かだが戦う意志と誇りを忘れぬ戦士達がいた。
そのひとり、モタビア州政府のエージェントの青年は、
異変の謎を追い、再び平和を取り戻すために旅立った。
彼を待ち受けるものは、いったい何か？
そして、アルゴル太陽系に秘められた謎を解くものは?